Главной целью «колониальной» войны нацистского руководства Германии с Советским Союзом было расчленение страны и порабощение его народов. Но нацистские идеологи, прикрываясь именем Бога, объявили и назвали своё вторжение на территорию СССР «крестовым походом» против коммунистической и еврейской власти (которую они идентифицировали). В пропагандистских целях оккупационная администрация выдавала разрешение на открытие храмов, закрытых в советское время.
Так, в Киевской епархии в 1942 году при немцах было открыто 8 монастырей и 318 храмов, в которых служили 434 священника. Но на Украине викарный епископ Владимиро-Волынский Поликарп (Сикорский), в прошлом петлюровский чиновник, опираясь на поддержку оккупационных властей и коллаборационистов из «землячества Украины», обосновавшегося в Польше, объявил себя архиепископом, потом митрополитом Луцким и заодно – главой автокефальной Украинской Церкви. Его поддержало несколько епископов прогерманской ориентации. Большая же часть украинской паствы захваченных областей находилась, однако, под окормлением так называемой Автономной Церкви Украины. Последняя не порывала канонической связи с Русской Церковью Московского Патриархата, хотя её автономия и не была признана Экзархом Украины митрополитом Киевским Николаем Ярушевичем и Местоблюстителем патриаршего престола митрополитом Сергием (Старгородским).
В Белоруссии оккупационные власти пытались сколотить автокефальную Белорусскую Церковь. Архиепископ Пантелеимон (Рожновский), приняв сан митрополита Минского и Белорусского, всё же не пошёл на разрыв с Предстоятелем Русской Церкви. Под давлением оккупационных властей, из-за интриг священников-сепаратистов он был вынужден отойти от дел и вскоре скончался. После него Белорусскую автокефальную митрополию возглавил Филофей (Нарко), проводивший политику соглашательства с оккупантами. В Прибалтике немцы разрешили митрополиту Виленскому и Литовскому Сергию (Воскресенскому) сохранить каноническую, но не административную связь с Синодальной Церковью, заключавшуюся практически лишь в возношении имени Местоблюстителя Сергия за богослужением. Это было сделано с расчётом на то, что после победы Германии в войне против СССР все православные (русские, белорусы, украинцы и другие русскоговорящие) будут выселены из Литвы, Латвии и Эстонии вглубь России.
Гитлер и нацистское руководство Германии явно предполагали и осознавали, что в ходе широкомасштабной завоевательной войны богоборческой, расовой идеологии нацизма будут противостоять не только атеистические доктрины коммунизма и социализма, либеральные доктрины пацифизма и гуманизма, но они будут иметь дело и с традиционными христианскими конфессиями. Не могли не знать они и того, что большая и значительная часть простого народа Советской России и СССР традиционно исповедовало ортодоксальное христианство – православие. Открытым остаётся только вопрос о том, насколько ясно руководство Третьего рейха представляло себе, как глубоко укоренилось христианское православное мировоззрение в русском народе и у других народов Восточной Европы. Так или иначе, но на захваченных территориях оккупационные власти руководствовались изощрённой, коварной, рассчитанной на многие годы вперёд директивой фюрера, которая гласила: «Мы должны избегать, чтобы одна Церковь удовлетворяла религиозные нужды больших районов, и каждая деревня должна быть превращена в независимую секту. Если некоторые деревни в результате захотят практиковать чёрную магию, как это делают негры или индейцы, мы не должны что-либо делать, чтобы воспрепятствовать им. Коротко говоря, наша политика на широких просторах должна заключаться в поощрении любой и каждой формы разъединения и раскола». Мало того, сотни разграбленных, взорванных, разбитых, сожжённых храмов с тысячами погибших молившихся в них людей, сотни тысяч икон, фресок и мозаик с выбитыми глазами и изуродованными ликами, над которыми надругались завоеватели, свидетельствовали о том, что вооружённые силы нацистской Германии не остановятся ни перед чем…