Лонгчен Рабджам родился в деревне Енца, в верхней долине Дра в Йору, восточной части Центрального Тибета. Его дед по отцовской линии, наставник Лопон Лхасунг, принадлежал к двадцать пятому поколению рода, происходящего от Гьялвы Чокьянга из Нгенлама. Последний был одним из первых семи тибетцев, выбранных для принятия монашеского посвящения, и практиком, реализовавшим Хаягриву. Лопон Лхасунг, реализовавший Дуцимена[1], дожил до 105 лет. Его сын, Лопон Тенпасунг, также стал наставником, реализовавшим одно из божеств, продолжив семейную традицию.
Матерью Лонгченпы была Сонамгьен из рода Дро. Когда ее сын был зачат, ей приснился огромный лев, на лбу которого одновременно всходили луна и солнце, и образовавшаяся вращающаяся масса света вошла в ее тело и растворилась в нем. Во время беременности проявлялись и другие удивительные знаки. Мальчик родился на десятый день второго месяца лунного календаря в мужской год Земляной Обезьяны (1308–1309 гг.) в лунном доме Гьялва. Его назвали Дордже Гьялцен. В момент его рождения появилась гневная богиня лунного дома Ревати – черная женщина с обнаженными клыками и нахмуренными бровями, с мечом в руке. Посадив младенца на колени, она сказала: «Я буду его охранять!» Вернув его матери, богиня исчезла.
Однажды Сонамгьен полола огород, в то время как сын лежал на земле. Внезапно начался град. Она вбежала в дом без ребенка, однако сразу же спохватилась и вернулась за ним. Не найдя его, она вернулась в дом вся в слезах. Тут вновь появилась богиня Ревати – она вышла из кладовки с ребенком на руках и стала ругать Сонамгьен: «Ты плохо обошлась с этим тулку!», и замахнулась мечом, будто хотела ударить женщину, прежде чем отдать ей ребенка. На протяжении всего детства Дордже Гьялцена богиня являлась именно в этой форме и вся чески оберегала его.
Едва научившись говорить, ребенок стал очень четко описывать разные явления, будто вспоминая события прошлых жизней. Когда он был еще маленьким, его семья переехала в место недалеко от Кхамсум Метокдрол, рядом с монастырем Самье. Наделенный сильной верой, чуткостью и смышленостью, уже к пяти годам Дордже Гьялцен умел бегло читать и писать – он научился этому, когда ему просто показали все буквы. В семь лет с ним стал заниматься отец, давая ему посвящения, объяснительные комментарии, устные наставления, традиционные методы практик под названием Собрания Сугат и циклы учений, сфокусированные на Хаягриве, Ваджракилае, а также на мирных и гневных формах Гуру Ринпоче. Он изучал медицину, астрологию и другие дисциплины. В Цонгду в долине Драчи, девятилетний, он изучил Сутру праджняпарамиты в двадцати тысячах строфах и Совершенство мудрости в восьми тысячах строфах, прочитав эти тексты вслух по сто раз каждый и запомнив их наизусть. Когда ему было девять лет, умерла его мать.
В 12 лет он был посвящен в монашество в монастыре Самье настоятелем Самдрупом Ринченом и наставником Кунга Озером. Ему дали имя Цултрим Лодро. Изучив винаю, он в возрасте 14 лет написал комментарий на эту тему и обрел репутацию знатока. В 16 лет Цултрим Лодро учился у наставника Ринчена Транш, получая от него посвящения и наставления по циклу ламдре, Шести йогам Наропы, божеству Ваджраварахи, линии Гхантапады божества Чакрасамвары и Махачакре Ваджрапани. С учителем Вангчуком Еше он изучал Калача кра – тантру и большинство других тантрических циклов учений сарма. От Заплунга Ринпоче он получил циклы учений цалпа, учения Гоцангпы о пути, ранние, средние и поздние передачи учений шидже Падампы Сангье и учения