Тяга к науке была у Вернадских в крови, передавалась от отца к сыну, а потом и к внуку. Отец Владимира Вернадского, Иван Васильевич, был преподавателем русской словесности, заведовал кафедрой политической экономии сначала в Киеве, затем в Москве. Он стал профессором уже в 28 лет. Иван Васильевич издавал журнал «Экономический указатель», с которым ему помогала его первая жена Мария Николаевна Шигаева. Она писала статьи на экономические темы. Их можно было назвать экономическими притчами, так как в них был сюжет, развитие действия и мораль в конце. Мария умерла в октябре 1860 года, и от первого брака у Ивана остался сын Коля. «Шигаевское начало», как называл Вернадский некоторые черты характера своего старшего брата, передалось и ему.
Иван Васильевич Вернадский, отец Владимира Ивановича.
Анна Петровна Константинович, мать Владимира Вернадского.
Через 2 года после смерти жены Иван Вернадский женился на Анне Петровне Константинович, приходившейся кузиной покойной Марии. Анна Петровна родила мужу троих детей: Владимира и двух девочек.
В возрасте 24 лет Вернадский в переписке со своей будущей женой вспоминал о своем детстве. «По рассказам, я был здоровый, замечательно тихий и серьезный ребенок; любил поспать, хорошо поесть, одним из моих любимых занятий было рассматривание разноцветных лоскутков и украшение ими своей собственной особы. Любил я рассматривать и раскладывать бумаги, и, курьезная вещь, я еще теперь, когда пишу, с каким-то удовольствием вспоминаю большую корзину под большим письменным столом (хорошие письменные столы были одной из прихотей отца) в темноватом кабинете отца; помню, кажется, перед отъездом в деревню, как я вытаскивал оттуда бумаги, и помню радость, с какой нашел там какую-то книжку с картинками, должно быть, прейскурант».
Вся семья Вернадских отличалась прогрессивностью взглядов. Именно отец рассказал маленькому Володе о борьбе украинского народа за свою независимость и о тайном украинском обществе Кирилла и Мефодия.
Весной 1868 года отца Владимира парализовало – прямо на заседании Политико-экономического комитета у него случился удар. Болезнь протекала очень тяжело. Он так и не смог до конца оправиться, потеряв способность ясно и четко говорить. Иван Вернадский больше не мог быть лектором. Семья переехала в Харьков, и последующее время стало одним из самых счастливых в жизни Владимира. У Вернадских была традиция собираться по вечерам и петь украинские песни.
Анна Петровна Вернадская (урожд. Константинович) с сыном Володей. 1864 год.
Вернадский очень любил Украину. В старших классах гимназии считал себя украинцем. А когда рискнул попробовать себя в художественной прозе и поэзии, то воспевал страдающую Малороссию и закат солнца в южноукраинской степи.
В 13 лет у Вернадского появилось желание читать книги украинских авторов. Но в те годы их печатали только на польском языке. Вернадский поразмышлял над этой проблемой и начал изучать польский язык.
Маленький Владимир любил слушать рассказы. Его двоюродный дядя Евграф Короленко рассказывал в детстве Владимиру истории о происхождении небесных тел, про запорожскую вольницу. Этот идеал свободы мысли и действия остался с ученым навсегда.
Вернадский с самого детства полюбил не только внимать чужим рассказам, но и записывать свои. В 11 лет начал вести дневник; с тех пор и до конца жизни он регулярно документировал свои мысли.
Он тайно общался с местными сверстниками, и они делились с панычем мистическими историями о чертях и ведьмах. Он боялся засыпать по ночам, ему повсюду мерещились проявления нечистой силы. Он рассказывал о детских страхах Наталье Егоровне, тогда еще его невесте: «Я создал себе религию, полную образов, то страшных, то нежных, но которые жили везде и всюду. Помню, как глубоко и сильно меня интересовали вопросы о том, что делается с душою после смерти, и рисовалось мне, что она долго (40 дней, кажется) летает вокруг тела, не может попасть туда, и ей холодно, ей страшно тяжело, она видит, как плачут, как рыдают кругом родные, как ее тело предают земле. То слышал я, что и тело это еще долго слышит, хоть и не видит… Все такие образы все сильнее и сильнее смущали меня; я писал Вам, что я был в детстве трусом, а тут кругом и всюду мне стали рисоваться образы домовых или мертвых, летающих душ, я боялся оставаться один в темной комнате, со страхом пробегал из одной в другую, потому что мне казалось, что я их вижу, что я их слышу. Иной раз ночью я просыпался, и мне казалось, что я слышу голос, звавший меня: Володя, Володя, Володя! Дрожа, отзывался я: «Я здесь, господи», но все смолкло, и только, казалось мне, кто-то где-то захохочет, из одного угла перейдет в другой хохот, и я со страхом зажмуривал глаза, крестился, читал молитвы, с головой закутывался в одеяло… Я помню, как сильно на меня действовала смерть, я, казалось мне, видел этих мертвецов, мрачных, унылых, становившихся вокруг меня, и помню, как перепугал няню, с которой спал в одной комнате; ночью, проснувшись, я стал уверять ее, что ее брат, который недавно умер, стоит тут, в углу, и грозит мне…»